De Aa of Weerijs heeft zich waarschijnlijk gevormd uit smeltwaterstromen aan het einde van de laatste ijstijd, het Weichselien. In die periode ontstond een tamelijk breed dal. Als gevolg van afzettingen tijdens het Holoceen kreeg het dal een vlakke dalbodem, waarin een meanderende beek stroomde. In oude Franse Itinéraires (tot ca 1850) wordt de naam Wegreyse gebruikt.
In de middeleeuwen was Aa een soortnaam voor stromende wateren en Weerijs betekende vlechtende stroom.
De Aa of Weerijs is een beek en stroomafwaarts een riviertje dat ontspringt in België, waar het ontstaat uit de samenvloeiing van de Grote Aa in Wuustwezel en de Kleine Aa in Brecht
. In haar loop worden verschillende waterlopen en beekjes opgenomen, zoals de Schrobbenloop, de Mortelbeek, de Kleine Beek, de Moersloot, de Raamloop, de Bijloop en de Turfvaart.
In Breda (= brede Aa) komt de rivier in de singels van deze stad, om tezamen met de Bovenmark onder de naam Mark verder te stromen. Bij Dintelsas stroomt het water in het Volkerrak en bereikt zo tenslotte via de Zeeuwse zee-armen de Noordzee. De breedte van de Aa of Weerijs varieert van 5 meter bij de grens met België tot 15 meter bij Breda. Het beekdal is ongeveer 3 kilometer breed.
Het stroomgebied van de Aa of Weerijs omvat een groot oppervlak (ca. 19.000 ha) en ligt grotendeels in België (ca. 12.000 ha). De beken stromen globaal gezien van het zuidwesten naar het noordoosten en zijn over het algemeen diep ingesneden. Belangrijke woonkernen in het gebied zijn Wernhout, Zundert, Klein-Zundert, Rijsbergen en Effen. De Aa of Weerijs passeert deze woonkernen aan de oostzijde.
Oorspronkelijk moesten de gemeentebesturen en de aangrenzende eigenaren de rivier onderhouden, maar dit liet vaak te wensen over. Door de slechte waterafvoer ontstonden er vaak overstromingen. In 1879 is het onderhoud van de rivier overgenomen door het toen opgerichte waterschap de Aa of Weerijs. Het waterschap heeft veel aan de verbetering van de watergangen gedaan. Dit was heel hard nodig vanwege de steeds weerkerende wateroverlast.
Op het punt waar de Aa of Weerijs in de singels van Breda stroomt, is de gemiddelde afvoer 1,3 m3/s. In natte perioden kan dit stijgen tot wel 10 m3/s, terwijl in droge perioden over het algemeen minder dan 1 m3/s wordt afgevoerd. Het watersysteem watert onder vrij verval af, maar er zijn wel stuwen geplaatst om de afvoer te reguleren. Hierbij wordt momenteel in de zomerperiode een hoger peil gehanteerd dan in de winterperiode, wat eigenlijk onnatuurlijk is.
De Aa of Weerijs had oorspronkelijk een lengte van 25 kilometer. In 1967 werd de rivier ‘genormaliseerd’. Door middel van bochtafsnijding is de lengte van 25 kilometer teruggebracht naar 22 kilometer. Er zijn 6 stuwen geplaatst om de beheersbaarheid van het waterafvoer te verbeteren. Daarnaast werden er bruggen over de rivier geplaatst en werd er 1 miljoen kubieke meter grond verzet. In 1971 werden deze werken afgerond.
De waterkwaliteit ging in de loop der jaren sterk achteruit door de invloed van de mens. Rioleringen werden zonder zuivering in de Aa of Weerijs geloosd en ook het afvalwater van bedrijven kwam zonder zuivering in de rivier terecht. In 1986 werd een afvalwaterpersleiding langs de Aa of Weerijs gerealiseerd door het Hoogheemraadschap West-Brabant. Hierdoor werd de waterkwaliteit een stuk verbeterd.
